2000年11月，省疾控中心成立之时，就设立了行政办公室，主要负责往来公文管理、印鉴管理、信件收发、物品采购、后勤维修、车辆管理等工作；作为辽宁省人事制度改革试点单位，中心进一步理顺各科室职能划分，2005年5月，行政办公室在原有工作基础上，又增加了档案管理、网络管理等职能。

行政办公室现有工作人员50人。按照科室工作职责，办公室下设5个工作组，即行政办公组、采购供应组、总务后勤组、档案组、车队。国债项目建设工作也由行政办全面负责，一些工程已相继竣工，目前建设工作仍在有条不紊的进行中。

行政办公组负责日常的文秘、收发、复印、电话接转、接待、会议室管理等工作。编印、发送中心每年的工作总结、工作计划、全省战线业务工作计划，编制、印发中心年报。组织修改、整理、制做中心规章制度。筹备、召开省市疾控中心主任、书记会议；多次承办中国疾控中心、省卫生厅组织的业务工作会议。负责计算机、网络和服务器的运行和维护管理；参与中心数字化图书馆的建设维护；负责更新万方数据。

采购供应组主要负责物资采购、毒品库和易制毒品库管理、应急物资管理等。健全了物资采购程序和制度，体现了急用物品优先购买、优先发放；完善了物资出入库管理，建立了合格供应商档案；翻修了毒品仓库，清点了库存化学药品；建立了三废物品库，配备了专门人员和设备；2005年，对中心的固定资产重新进行了整理，建立一套新的固定资产管理账目，使管理更加科学化、系统化。

总务后勤组主要负责中心内外环境的清洁维护、房产档案报修管理、水电采暖管理等工作。重新规划修整了外环境，绿化了中心，扮靓了中心；规范了仪器设备仓库管理；健全了中心住房档案管理，开展了住房货币化工作；负责采暖费审核报销管理；负责日常用电维护、安全监督工作；维护中心通讯系统，保障工作正常运行。

档案组主要负责除人事、财务档案以外的档案管理工作，建立健全了中心档案管理制度、借阅制度等，2004年被评为省二级档案单位。